Proteomik banar väg för nya läkemedel
Förr var uppfattningen att en gen ger upphov till ett enda specifikt protein. I dag vet man att samma gen kan ge upphov till ett halvt dussin proteiner med separata funktioner. Studier av cellens proteiner kallas för proteomik. En förutsättning för arbetet är kraftfulla metoder för separation och analys.
Jenny Forshed arbetar som forskare och bioinformatiker vid Karolinska Institutet. På Karolinska Biomic Center leder hon en studie som är en fortsättning på ett arbete där forskare analyserat proteiners uttryck från flera olika cancertumörer. Hennes forskargrupp studerar om det finns gemensamma nämnare mellan olika typer av tumörer. Kanske har vissa proteiner alltid en ökad nivå i en viss typ av tumör, kanske är vissa proteiner alltid överrepresenterade i tumörceller i jämförelse med normal vävnad. Kunskapen om att vissa proteiner är specifika för en viss typ av tumör gör det lätt att hitta varifrån i kroppen en tumör härstammar. Vet man det, vet man också hur den aktuella tumören ska behandlas.
Proteiner är mål (”targets”) för mer än 90 % av alla läkemedel. Därför kan Jenny Forsheds forskning i slutänden även möjliggöra utveckling av nya terapier och läkemedel.
– Som bioanalytiker strävar man hela tiden efter att förstå hela mekanismen. Efter att ha hittat ett protein som verkar specifikt för en tumörtyp arbetar vi vidare för att se hur funktionalismen ser ut. Hur det fungerar i kroppen och vilka signalvägar proteinet är inblandat i. På så vis är det möjligt att hitta nya mål för läkemedel, förklarar Jenny Forshed.
Tidsödande arbete
Just nu pågår en massiv datainsamling.
– Det går åt mycket tid åt att sitta och matcha olika proteiners uttryck. I praktiken ser det ut som olika kartor med en massa fläckar på där varje fläck motsvarar ett protein. Matchningen görs både manuellt och med hjälp av dataprogram. Sedan när de så kallade match-seten är klara, arbetar vi med mer generella datanalysmetoder. Det är då det blir riktigt spännande.
Förhoppningen är att forskningen på sikt ska resultera i en databas med information om vilka proteiner som har förhöjda halter vid cancersjukdom, och vilka proteiner som är typiska för varje tumörtyp.
– I tveksamma fall, när det är svårt att diagnostisera en cancer, skulle läkare kunna använda databasen för att se vilka proteiner som normalt finns i en viss typ av tumör. För patienterna innebär det bättre och säkrare diagnoser samt mer effektiv och individualiserad behandling. Jenny Forshed påpekar att cancer är en komplicerad sjukdom. Den går att kategorisera till viss del, men i slutänden har varje patient sin egen variant av cancer.
– Inom bröstcancer är man redan ganska duktig på att kartlägga varje individs specifika sjukdom. Detta vill man kunna uppnå även inom de andra cancerformerna. Förhoppningsvis kan vår forskning bidra till den utvecklingen.